高位肛瘘和低位肛瘘主要的区别，顾名思义是瘘管位置的高低，主要是通过肛瘘瘘管和肛直环之间的关系来判断位置的高低。
如果肛瘘瘘管跨过肛直环外侧的肛瘘就称为高位肛瘘，而如果肛瘘瘘管位于肛直环的下方，就称为低位肛瘘。
肛直环是由肛门内括约肌和肛门外括约肌，以及周围组织组成。如果高位肛瘘直接将瘘管切开，就有可能严重损伤肛直环，从而导致术后肛门失禁，所以高位肛瘘手术时需要行挂线术。而低位肛瘘瘘管位于肛直环下方，即使将其完全切开也不会导致肛直环严重的损伤，所以低位肛瘘一般行瘘管切开术或者瘘管切除术。