男生小便时腹部疼痛是泌尿系统疾病所导致的。输尿管和膀胱这些器官的炎症和有尿结石疾病，都有会引起小便时的腹部疼痛。
其中，泌尿系统结石是引起小便后小腹疼痛最为常见的原因，位于肾部和膀胱的结石在排尿时进入输尿管，会因结石的嵌顿而造成输尿管以及尿道的疼痛，疼痛多呈绞痛，疼痛会延续到大腿内侧及生殖器，疼痛严重者可伴发射性的恶心和呕吐的症状。
膀胱炎患者由于炎症刺激膀胱壁，也会出现排尿时下腹部的疼痛，患者要根据自己的自身病因对症下药。