男童小便时疼痛的原因，首先可能是尿道口有外伤引起。小孩由于比较顽皮，很容易不小心引起尿道口的挫伤，局部的组织出现血肿，排尿时由于压力变大会加重症状，从而出现疼痛的现象。
也可能是泌尿系统感染引起，小孩的手经常乱摸东西很容易沾染上细菌。如果经常去摸尿道口，会导致细菌感染患上尿道炎。炎症对尿道口产生刺激后会有刺痛、瘙痒、尿频等症状。
还可能是包皮龟头炎引起的，很多小孩的包皮比较长，导致无法彻底清洗龟头。时间长了出现包皮垢引起龟头炎，导致小便疼痛。