肛门瘙痒症的治疗主要包括药物治疗、非手术治疗和手术治疗。
药物治疗，包括外用的药物、坐浴药物口服药物。外用药物有本海拉明、太宁软膏、派瑞松等，都有抗炎止痒和抗过敏的作用。坐浴的药物，有祛湿止痒洗剂、炉甘石洗剂、自制的花椒水等。
还有口服药物，包括西替利嗪、氯雷他定等以抗过敏药物。中成药可以有湿毒清胶囊、玉屏风散等。而非手术治疗可以使用亚甲蓝在肛门周围点状注射减轻瘙痒症状。如果经以上治疗瘙痒仍然严重无法控制的，可以考虑行手术治疗，可以行肛门周围皮下神经切断术或者肛门皮肤切除术。