慢性便秘的原因分为功能性和器质性的原因。
器质性疾病主要是指肠道本身有器质性的病变，除此以外有内分泌系统疾病或者神经系统疾病也可能会导致患者出现慢性的便秘。
临床当中比较常见的疾病是肠道肿瘤，肠腔狭窄或者肠梗阻以及糖尿病，甲状腺功能低下，系统性红斑狼疮，先天性巨结肠。如果长期使用钙通道拮抗剂以及利尿剂，抗组胺药，都可能会导致患者出现便秘，功能性便秘，主要考虑是因为生活节奏过快，情绪焦虑，并且进食量少等等原因。