角膜基质炎是位于角膜基质深层的非化脓性炎症，主要表现为角膜基质水肿、淋巴细胞浸润、常有深层血管形成。可能和循环抗体与抗原在角膜基质内发生剧烈免疫反应有关，常见的病因是先天性梅毒、结核、单纯疱疹、带状疱疹、麻风、腮腺炎等引起。首先需要积极的寻找病因，针对病因进行相应的治疗，例如全身抗梅毒、抗结核用药。
眼局部如果伴有虹膜睫状体炎，需要1%的阿托品散瞳，防止虹膜黏连，局部再滴用糖皮质激素或非甾体类抗炎药物，减轻角膜炎症以及症状。出现强烈畏光时，可以佩戴深色眼镜。角膜形成疤痕，没有活动性炎症，可以行角膜移植。