小孩的肛瘘也是由于肛周脓肿破溃或者经手术切开引流所产生的，小孩肛瘘在临床上也比较常见，主要的形成原因有两个：
第一，小孩自母体带入的激素水平偏高，而激素水平高会导致肛腺分泌旺盛，从而有可能会导致肛腺炎而引发肛周脓肿。
第二，小孩本身机体免疫力低下，当直肠肛管局部的屏障被打破时，就容易引发感染而形成肛周脓肿。以前的理论认为小孩的肛瘘可以自愈，但目前的理论认为小孩的肛瘘和成人肛瘘是一样的，均需要通过手术治疗才能完全治愈。