长肛瘘主要是由于感染所导致。在临床上绝大多数的肛瘘，都是由于肛周脓肿演变而来。
人体的直肠肛管周围有多个间隙，而当这些间隙内出现化脓性感染时，就会形成肛周脓肿。肛周脓肿自行破溃，或者经手术切开引流后，就会发展成为肛瘘。
而破溃口或者手术引流口就会演变为肛瘘的外口，直肠内的感染肛腺就会演变成为肛瘘的内口。两者之间会形成条索状的瘘管，会出现肛门周围反复流脓以及肿痛的症状。
肛瘘并无法自愈，所以需要及时去医院就诊，并及时行手术治疗，才能完全治愈。