跑步过后膝盖内侧疼痛，如果是外伤引起的，可以用膏药治疗，比如非甾体消炎镇痛药物贴剂；疼痛期间，要避免过度运动。也可以服用适当的药物来促进血液循环和疏通侧支，遵医嘱进行药物治疗，不能随意自行用药；在最近一段时间内暂停运动，直到疼痛完全治愈为止。
另外，膝盖疼痛也可能是由于最近一段时间的跑步过度，容易出现局部肌肉或关节拉伤，或者是由于先前的创伤；在未痊愈的情况下，过度活动，引起膝盖内侧疼痛。
治疗期间，注意不要吃生冷、辛辣等刺激性食物，多吃水果和蔬菜，多吃优质蛋白食物，确保营养均衡。