引起后脑勺和太阳穴位置疼痛的原因，可能是神经衰弱、植物神经功能紊乱、紧张性头痛、偏头痛、颅内肿瘤、脑出血、颈椎病等引起的。
后脑勺和太阳穴位置疼痛，最常见的原因是植物神经功能紊乱、神经衰弱导致的。这和长期工作压力大、精神紧张、作息不规律、熬夜、抽烟、喝酒等不良生活习惯有关，一般在改善生活方式后可以得到缓解，往往还伴有失眠、浑身乏力、工作效率低下、白天嗜睡等症状。
颅内病变也可能导致疼痛，比如脑肿瘤、脑出血、蛛网膜下腔出血等，可以通过头颅CT检查排除。一些神经血管性头痛，比如紧张性头痛、丛集性头痛、偏头痛等，也可能导致后脑勺和太阳穴位置疼痛。这一类疾病没有特异的治疗方法，往往是通过服用消炎镇痛的药物对症治疗。