绝大多数的肛瘘经手术治疗以后均能够痊愈，而且肛瘘也只有通过手术治疗，才能完全治愈。但有少部分复杂性高位肛瘘，经手术治疗后，仍然会出现复发，主要和手术医生的手术经验，以及治疗难度有直接的关系。
导致复发的主要原因是遗漏了瘘管以及内口的处理，或者肛瘘非常复杂，位置非常高，或者伴有其他原发性疾病。例如克罗恩病、溃疡性结肠炎等等，而导致术后出现复发。
极少部分的肛瘘经过多次手术以后，仍然会复发的情况下，在临床上一般就建议患者带瘘生存，以免多次手术对肛门括约功能造成严重影响。