新生儿先天性肛门闭锁手术后的治疗效果，主要是根据病情的轻重来具体看。
新生儿先天性的肛门闭锁分为高位闭锁和膜状闭锁两种不同的情况。如果是高位的闭锁，有的直肠下端根本没有发育，手术相对比较复杂，这种情况的手术效果，不是很理想。
如果是膜状的肛门闭锁，手术就会相对比较容易，术后的恢复也是比较理想的。 新生儿先天性肛门闭锁这种手术属于急诊手术，难度相对较大，所以最好是选择相应的、专业的儿科医院，然后再进行进一步的检查和治疗。