不同的病毒疣，外用药物方面会有所差异。对于扁平疣来讲，通常长于面部或者是颈部或者手背部这些薄嫩的地方。外用药物就需要选择一些温和的，以免造成皮肤局部的色素沉着或者是疤痕情况，通常可以选择干扰素凝胶局部涂抹。
对于尖锐湿疣，通常长于会阴部位，可以选择咪喹莫特乳膏或者鬼臼毒素酊，由于这两个药物具有很强的腐蚀性，所以在用药物的时候可以在疣体周围涂抹凡士林，以防止周围皮肤被腐蚀。对于跖疣，可以选择外用5氟尿密啶软膏或者是维a酸软膏。