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扁平疣的诊断是基于临床的皮肤表现来进行诊断。扁平疣多见于头面部或者手背的裸露的部位出现，主要多见于圆形或椭圆形的皮肤表面凸起，相对光滑，不伴有瘙痒或者是疼痛的赘生物，临床主要的诊断还是依靠于临床表现的诊断。 扁平疣也可以通过在局部进行核酸的样本的提取，通过核酸的诊断来检测HPV病毒是阳性的，也可以作为辅助的诊断，是临床常用的技术手段。 扁平疣除了可以通过核酸支持诊断以外，取一些扁平疣的病理的组织，在病理下看到特殊的炎症细胞，慢性进入为主的临床的皮肤的一些病理特征来进行诊断。
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