脑积水的治疗主要有临床观察、药物治疗以及外科手术治疗三种方法：
对于一部分脑积水比较轻微的婴儿，可以密切的观察。如果患者脑积水没有明显的扩大，并且没有明显的临床症状，可以定期的复查。一部分婴儿的脑脊液分泌以及吸收功能可以重新建立新的平衡，因此可以暂时不行手术治疗。
对于一些症状比较轻微的患者，也可以考虑使用药物进行治疗，主要是脱水降压以以及抑制脑脊液分泌的药物。但是需要说明一点，药物治疗不能够根治脑积水。
手术治疗适用于脑室内压力较高或经非手术治疗失败的病例。严重的脑积水比如头围超过44.2cm、大脑皮质萎缩厚度在0.8cm以下，已合并有严重功能障碍以及畸形者，手术风险较大，可采用可调压分流管。手术方式多采用脑脊液分流术，以脑室-腹腔分流术最为常用。