先天性鳃裂畸形有可能会出现病变，具体因人而异。
在临床医学上，先天性分裂畸形发病率比较高，一般占颈部先天性异常疾病的30%左右。而且此病在任何年龄阶段都有可能出现，目前比较多见的主要有鳃裂囊肿、鳃裂瘘管等。鳃裂瘘管大多在婴儿期会被发现。对于鳃裂囊肿，多发于儿童或青少年时期，生长较缓慢，会使患者偶然发现颈部或腮腺区出现无疼痛性的肿块，一般会慢慢增大或者是时大时小。后期鳃裂囊肿上皮有一定的癌变几率，但并不是所有的都会病变。