结肠阿米巴病主要是对症治疗和用抗生素进行抗炎，预防并发症。
结肠阿米巴病主要是因为阿米巴原虫进入到结肠组织，造成结肠的黏膜出现了炎症，可分为急性和慢性，主要表现为腹泻严重。治疗首先要进行补液，补充体内的水分，纠正电解质紊乱和酸碱平衡，可采取静脉输液或者口服补盐液，抗生素可以选择甲硝唑、奥硝唑、四环素等进行抗感染治疗，还要预防出现并发症。
因此必须要接受正规的治疗，否则容易导致病情反复，从而形成慢性结肠阿米巴病，最后形成阿米巴肉芽肿。