无痛性甲状腺炎属于自身免疫性甲状腺疾病中的一种，这种疾病具有一定的遗传倾向。另外它还有自身免疫的原因，这些都是引起它发病的机制。
除此以外，随着碘摄入量的增加，甲状腺内淋巴细胞浸润程度也会逐渐增加，这也是无痛性甲状腺炎发病的其中一个原因；吸烟也是无痛性甲状腺炎的一个危险因素。
无痛性甲状腺炎会历经甲亢期、甲减期再到甲状腺功能正常期，所以许多患者可以不用治疗这种疾病，具有自限性；有少数患者会遗留永久性的甲减，需要给予补充甲状腺激素的药物治疗。