疱疹性咽峡炎是具有一定的潜伏期的，此类疾病的潜伏期通常在2~4天左右。
在肠道病毒或柯萨奇病毒等进入人体之后，患者可能会表现为没有任何的明显症状，或者仅有轻微的身体疲乏、嗜睡等表现。但是，在2~4天以后往往会突然出现较为剧烈的身体发热，在身体发热的同时，往往还会伴随有咽喉部位严重的疼痛感，导致不能正常地吞咽，口腔还会不自主地流出唾液。
此时，在医院进行咽喉镜等检查时，往往就可以明显地观察到患者的咽喉部位有灰白色的疱疹，此时需要积极地对症处理。