早上起床后胸闷、气短多见于呼吸系统疾病，比如肺动脉高压、慢性肺心病、慢性阻塞性肺疾病、肺气肿、支气管扩张、慢性支气管炎等都有可能会引起晨间胸闷、气短等现象。
另外也不排除与循环系统疾病有关，比如高血压性心脏病、心肌炎、不稳定型心绞痛、肥厚型梗阻性心肌病。
如果为年轻人，而且有长期熬夜的习惯，出现这种情况也有可能与神经衰弱有关，同时还会伴随情绪压抑等现象。
另外，雌孕激素分泌不平衡、肾上腺功能失调、甲状腺功能失调等内分泌代谢类疾病也会引起早上起床后胸闷、气短。