牙肉长脓包需要在医生的指导下消炎治疗，同时要明确诱因，去除病因治疗才能彻底治愈。
如果牙肉长脓包是急性根尖周脓肿造成，需要对病灶牙进行根管治疗，开髓引流、扩通根管。脓包消退以后，做系统的根管治疗，包括根管预备、根管冲洗、根管封药，最后根管充填，必要时还需要后期结合根尖切除手术治疗。
如果牙肉长脓包是因为牙周脓肿造成，在全身应用抗菌药物的同时，局部可给予牙周冲洗、上药治疗，并将脓包切开引流。待急性炎症消退后，针对牙周炎做系统的牙周治疗，包括龈上洁治、龈下刮治等。