寻常疣和扁平疣还是有一定区别的。虽然两种病理损害都是因为病毒感染导致，而且感染的病毒都属于人类乳头瘤病毒，但是感染的疣体在外观上有明显的不同。
寻常疣所造成的皮肤损害表现为疣状的增生，并且表面粗糙，但是扁平疣虽然有疣状增生，但是表面扁平而且比较光滑。寻常疣所形成的外观类似于菜花状的表现，但是扁平疣表面扁平，并没有形成菜花状的外观。
寻常疣一般个体相对较大，但是扁平疣的个体相对较小，有的只是表现为粟粒大小的，但是寻常疣如果增生比较明显，有的大如黄豆大或者是花生米大小。