婴儿母乳性腹泻，其实就是生理性腹泻，一般不需要特殊的治疗。因为不是感染导致的，不需要用抗生素，可以适当给婴儿服用一些益生菌，调理肠道内环境。随着婴儿月龄逐渐增长，到6个月时可以添加辅食，能逐渐改善腹泻症状。
如果腹泻次数比较多，主要是以补液为主，适当补充能量合剂以及维生素。母亲饮食注意以清淡为主，不要进食生冷、燥热的食物。
必要时可以适当断奶一段时间改为奶粉喂养，腹泻好转后再转回母乳喂养。但是不能滥用抗生素，以免造成肠道菌群紊乱，还会加重腹泻。