一般甲状腺囊肿目前的病因尚不清楚，可能与碘缺乏、电离辐射、碘过量等相关，同时可能还与患者所处的环境、心情、饮食习惯等相关，但是还需要做进一步的验证。
甲状腺囊肿是甲状腺的一种囊性病变，囊内容物一般为液体，绝大部分甲状腺囊肿都是良性的。对于比较小的甲状腺囊肿并且患者没有任何不适的症状，可以暂时不用处理，只需要定期复查甲状腺彩超去动态观察甲状腺囊肿的大小变化即可。
而对于甲状腺囊肿比较大或者是有明显压迫症状的患者，唯一有效的治疗办法便是手术治疗，吃药、打针是没有任何效果的。现在有一些甲状腺囊肿，还可以采用微波消融的治疗方法。