生殖器勃起后疼痛可能为正常现象，也可能为病理性的因素所引起。
如果男性在平时存在过度手淫的坏习惯，由于阴茎长时间处于充血状态，就容易在阴茎勃起时出现胀痛症状，这种情况属于正常现象。可通过减少或戒除手淫，克制自己的性欲望，有利于逐渐好转。
阴茎勃起疼痛也可能为前列腺炎所引起，由于前列腺部位存在炎症反应，会导致患者的前列腺肿胀、疼痛，尤其在阴茎勃起时会使疼痛症状进一步加重。另外，还可能为阴茎海绵体损伤所致，在阴茎勃起时会使海绵体充血，过度充血会对损伤的海绵体形成刺激，也会出现阴茎勃起后疼痛。