治疗痔疮的药副作用相对较少，常用的是痔疮栓和痔疮膏。大多数为中成药，主要作用是清热解毒、凉血止血，有少数患者会出现大便次数增多、腹泻、肛门发胀等副作用，停药后这些副作用会消失。
痔疮还会用抗炎镇痛药和静脉增强剂，这些药物的副作用有腹部不适、恶心、头晕、皮疹等。
治疗痔疮还有熏洗药物，常用的是高锰酸钾。主要副作用是容易灼伤皮肤，使用时浓度不能过高，与水的比例为1：5000为宜。外洗中草药一般无副作用。