灌肠是治疗便秘的一种方法，药物保留灌肠也可用来治疗溃疡性肠病。无论是生理盐水、肥皂水，还是治疗的药物都会对肠粘膜产生刺激，灌肠时如果水温过高，容易烫伤肠粘膜，因灌肠器的口部比较尖锐，容易刺伤肠粘膜。
所以，经常反复的灌肠，容易导致肠道黏膜损伤、出血、感染、溃疡，如果损伤较大，出血过多，保守治疗无效，还需进行手术治疗。
感染溃疡的情况发生严重时，可导致溃疡性肠病，反复发作，导致患者发生营养不良、消瘦、贫血等，病情严重的还会发生肠穿孔、中毒性休克等并发症。