枕骨大孔畸形需要进行手术治疗。手术主要是能够降低颅后窝压力，消除压迫，使颅颈交界处恢复稳定的状态。
对于颅内压有明显增高及神经结构受压症状的患者，尤其是通过核磁共振检查，显示有脊髓积水、脊髓空洞的患者，必须及时进行手术治疗，便于及时解压，缓解神经结构受压的状态；及时清除脊髓积水，避免造成严重危害。
另外，颅颈交界不稳定的患者，可以通过手术进行固定，缓解和减少头痛、头晕、恶心的症状。
枕骨大孔畸形容易造成颈项缩短、颈部活动受限，严重的还可能造成小脑扁桃体下疝、运动不协调，应积极治疗。