肺脓肿需要住院的天数与脓腔的大小、感染的细菌种类，以及患者的基础体质是明确相关的。
有效的抗生素治疗六到八周，即可康复。但如果肺脓肿的脓腔较大，出现了全身感染等并发症，患者体质较差的，治疗周期会相对延长。肺脓肿的治疗，以抗生素治疗为首选。如果脓腔体积较大、脓液较多时，可以采用脓腔穿刺引流术或外科手术治疗，但具体的住院天数因人而异。
肺脓肿治疗不彻底时，容易出现迁延不愈，因此必须足疗程治疗。