遗传代谢病是会有后遗症的，遗传代谢病如果不积极治疗是会产生一系列后遗症，根据具体的病因不同其所表现的后遗症也不一样。
例如某些遗传代谢疾病的患者会导致生长发育受限、智力障碍，甚至还会有特殊的面容。某些疾病还会造成特殊的气味，例如苯丙酮尿症的患者会有鼠臭味。先天性糖尿病酮症酸中毒的患者会产生烂苹果气味，某些患者还会具有造成反复发作的顽固性低血糖、肝脾肿大等并发症。
因此，遗传代谢性疾病所造成的后遗症的危害是很大的，会给患者及其家庭带来严重的不良影响。