慢性胃肠炎病程较长，是因为胃肠道长期存在炎症所引起，是不可以自愈。
要通过改变饮食结构，服用药物来治疗以及预防复发。平时饮食要清淡，少量多次进食，吃容易消化的食物，不吃辣椒、烟酒、咖啡、刺激性胃肠黏膜的食物，可在医生的指导下服用肠炎宁以及抗生素来控制炎症。
最好做细菌敏感测试培养检测，找到较为敏感的抗菌素来治疗，避免过度用药导致耐药性，导致肠道内菌群失调，加重腹泻。适当补充益生菌比如培菲康、双歧杆菌、四联活菌片改善肠道内的微生态。因此，慢性肠炎是不可以自愈。