乳腺癌化疗的副作用与其他肿瘤化疗的副作用是比较类似的，包括消化道不良反应，神经系统不良反应，以及脱发和骨髓抑制等。
临床上几乎所有的化疗都会产生一定的副作用，而乳腺癌的常用化疗药物，包括阿霉素和紫杉类药物。阿霉素具有心脏毒性，并且会导致消化道的不良反应，包括食欲不振、恶心、呕吐等。紫杉类的药物则具有外周神经毒性和心脏毒性，还会导致肌肉关节疼痛以及一些相关的过敏反应。
除此之外，化疗还具有骨髓抑制，还会使患者发生脱发。