肛瘘有可能会导致肛周反复流脓以及肿痛。当肛瘘瘘管内感染时，就会积聚脓液，脓液张力增高，就会引起局部胀痛，外口开放后脓液流出，疼痛症状就会缓解，会表现局部流脓症状。
如果肛瘘时间久了，特别是马蹄型肛瘘，它是环绕肛管周围的，就有可能会影响肛门舒张功能，出现排便不畅或者肛门失禁等等临床症状。
另外，肛瘘还有可能长期的病变，会使患者出现消瘦、贫血、便秘，甚至局部恶变的可能性，所以肛瘘患者应该及时行手术治疗。