皮脂腺痣最常见的手术后的并发症就是局部出现疤痕组织，如果患者本身又是疤痕体质，很有可能就会出现疤痕疙瘩，通常患者可能会伴有皮肤的瘙痒感或者是疼痛感，也有可能会伴随着患者的刺激而变大、变硬、变厚，有时候形状可以像螃蟹的脚一样，或者是像蜈蚣一样。
另外，如果患者皮脂腺痣的面积比较大，有可能会在手术切除的时候，出现皮肤张力不够的情况产生，从而引起局部皮肤牵拉而造成头皮形状改变。
如果在做完手术之后，没有积极预防感染，有可能会造成术后感染的情况。