脾囊肿预后是比较理想的。一般小的脾囊肿是无需过多处理，可忽略掉。脾囊肿过大的概率很低，所以脾囊肿对人体危害不大，大家不用担心这个问题。
在脾囊肿的病变情况下，要注意寄生虫病和感染性疾病。寄生虫病引起的脾脏的囊性占位，要及早处理。尤其在西北五省及牧业地区，经常会发生包虫病。
生长在脾脏上的包虫病的影像学资料与脾囊肿很相似，但包虫病对人体的危害更大。因为它是一种寄生虫病，可以引起脾脏破裂，导致囊液流至腹腔，在腹腔内大范围的种植，预后较差，所以脾脏的囊性占位病变应排除寄生虫病。