肺吸虫病的确诊主要是在患者肺组织、粪便或者脑脊液等标本中发现肺吸虫的虫卵或者成虫。但是，肺吸虫病的患者缺乏特征性的临床表现，所以，其刚开始就诊的时候，医生需要通过详细询问病史来作出怀疑。
如最近有生食或者半生食大头虾、溪蟹等食物，或者生饮溪水等，通常需要检查血象、X线、核磁、酶联免疫吸附试验以及病理学检查等。通过一系列的检查，对其他相关的疾病进行排除，最终综合起来，找出虫卵或者成虫，就可以确诊。