吃饭吞咽困难可能是局部病变导致的，也可能是全身病变引起的，包括口咽性吞咽困难和食管性吞咽困难。
口咽性吞咽困难，多见于神经系统疾病和自身免疫疾病，比如脑卒中、重症肌无力、帕金森病、脊髓灰质炎后综合征、多发性肌炎等。食管性吞咽困难主要是食管病变导致的，比如弥漫性食管痉挛、贲门失弛缓、食道肿瘤、食道炎症或溃疡病变等。总之，导致吃饭吞咽困难的原因有很多，需要结合其他表现判定。
如果中老年人进行性吞咽困难，伴有体重下降，首先考虑食管癌，吞咽时伴有鼻腔反流和气管支气管呼吸，可能是咽麻痹，伴有吞咽时咽部疼痛，可能是急性扁桃体炎、扁桃体周围脓肿导致的。