青春期发育延迟或者是迟缓的最主要的病因，
第一个有特发性的生长以及青春期发育延迟。
第二个就是低促性腺激素性性腺功能减退，主要是见于一些下丘脑的疾病，或者是像颅内感染、颅内肿瘤，还有颅脑外伤先天性的畸形等等，这些获得性的原因所导致。除此以外，还有向垂体的疾病，有单纯性的促性腺激素的缺乏，还可以是特发性的垂体功能减退，以及像垂体的损伤，或者是垂体的肿瘤等等，导致了垂体的分泌的各项激素的异常，都可能会引起这种问题，还有向高促性腺进行性腺功能减退。男性的话，主要是一些病因导致了原发性的睾丸功能减退。女性的话像卵巢早衰、单纯性的性腺发育不全，或者是先天性的卵巢发育不全等等，这些疾病都可能会导致青春期发育迟缓。