功能性胃肠病不是抑郁症，但是功能性胃肠病的病人，约50%合并有焦虑、抑郁状态。
功能性胃肠病不是一种单一疾病，而是一种生物心理社会因素共同作用的疾病，因此，功能性胃肠病治疗强调进行个体化治疗及对症治疗。
除了常规的消化系统药物治疗外，在功能性胃肠病的治疗中心理治疗很重要。心理认知、心理和行为疗法，包括心理治疗、催眠疗法、生物反馈疗法、认知行为疗法、动态心理疗法等，和药物治疗一样，对功能性胃肠病的治疗起很大作用。尤其是精神心理调整是治疗中的重要环节，应根据不同的特点进行心理治疗，部分患者需要服用抗焦虑、抗抑郁的药物。