酮尿是有可能引起脑电波异常的，尤其是有抽搐发作的患儿，需要及时地做脑电波检查，判断是否有异常放电，必要时还需要使用抗癫痫药进行治疗。
苯丙酮尿症是一种遗传类的疾病，好发于近亲结婚的后代中，一经发现应立即治疗，越早治疗，治疗的效果越好。主要的治疗方法是饮食治疗，主要的治疗目的是使患者血中的苯丙氨酸的含量保持在0.12~0.6mmol／L。
患儿应保持低苯丙氨酸饮食，可以使用四氢生物蝶呤进行治疗，但需要在医生的指导下规范使用。