脑栓塞患者如果符合手术指征，是可以做手术的，目前临床上主要应用的是坏死脑组织吸出术和骨瓣减压术，主要适用于大面积脑部栓塞的患者，以及内科治疗比较困难的患者。
多数患者经过手术后，能够有效挽救生命，但手术预后主要与手术前脑组织所受到的损伤有关。如果在手术前由于大面积脑栓塞，致使脑组织长时间缺血、缺氧而产生坏死，这类患者即使进行了手术治疗，术后效果也会比较差，患者通常会伴有意识障碍、偏瘫、言语障碍等后遗症。
针对后遗症，患者应及早进行功能康复锻炼，促进功能恢复，提高生活的质量。