颈椎后脑勺疼，可以因为局部肌肉的扭伤、炎症物质渗出、肌肉有轻微的撕裂造成的疼痛。也可以长期低头以后因为局部肌肉韧带棘突炎、小关节僵硬、粘连，从而造成炎症物质渗出，刺激神经产生持续的疼痛。
严重时在这个部位可以有颈椎病的情况，颈椎病就会引起除了肌肉筋膜炎以外，有生理曲度的变直、反弓，还会刺激到髓核突出，压迫到脊髓和神经根。颈型颈椎病肌肉僵硬比较严重，伴随着其他刺激症状，可以出现神经根型、脊髓型。
后脑勺疼痛还需要注意排除一下脑血管疾病的缺血，局部有淋巴结肿大，要排除附近器官的炎症造成的感染，引起的疼痛，都需要检查清楚以后对症治疗。