鹅口疮是真菌感染，致病菌主要是白色念珠菌，鹅口疮的发病是一种机会性感染，所以该病的预防可以从防止真菌感染入手。原本不致病的口腔常驻菌群，白色念珠菌会在患儿营养不良、抵抗力下降，口腔不洁时大量繁殖，造成菌群失调，引起机体免疫紊乱，引发鹅口疮。
由此可见，鹅口疮的有效预防途径是用指套清洁口腔，保持患儿口腔清洁，哺乳期母亲喂奶前严格进行乳头和乳具的消毒，对于患儿的被褥、玩具、餐具煮沸消毒，常洗手。
均衡饮食，合理喂养，增强抵抗力，避免出入人员密集场所感染病菌，幼儿园、游乐园等公共场所孩子用具不能混用。