脑血栓形成与心源性脑血栓的主要区别是发病年龄、诱发因素。
脑血栓形成在老年人比较常见，一般指脑动脉硬化、脑血管狭窄造成的，在动脉粥样硬化的基础上继发血栓的形成。心源性脑血栓一般发生在心脏病病人的基础上，可以是中老年人，也可以是年轻人，心脏病的病人容易继发心源性的栓子，栓子脱落可以造成脑血管的狭窄和闭塞、阻塞的情况。
心律失常、心力衰竭、心肌炎、心内膜炎都可以造成心脏形成栓子，心脏栓子可以随着血流达到脑血管处，堵塞脑血管。脑血栓形成通常从静态开始，通常在休息状态或者夜间睡眠血液比较瘀滞的情况下发病。脑血栓是不确定的，从静态到动态都可以发病脑栓塞。