甲状舌管囊肿如果不及时治疗，就可能形成甲状舌管瘘。甲状舌管瘘的后期有癌变的可能。甲状舌管囊肿属于发育性囊肿，一般多见于1~10岁的儿童，舌骨上下部最为常见。
囊肿生长缓慢，呈圆形。临床上常见者多如胡桃大，位于颈正中部位。有时微偏一侧，质软，周界清楚，与周围皮肤及周围组织无粘连。随吞咽及伸舌等动作而移动，穿刺检查可抽出透明、微浑浊的黄色稀薄液体。
手术要彻底切除囊肿或瘘管，否则容易复发。手术的关键是除囊肿或瘘管外一般将舌骨中份一并切除。