大部分支原体感染是能彻底治好。支原体主要感染呼吸系统和泌尿系统，此时属于感染性疾病，在予以有效的、敏感的抗生素抗炎治疗，配合对症处理，疾病是能治愈，但要注意抗感染疗程一定要足。
对于支原体肺炎的患者，通常予以氟喹诺酮类、大环内酯类、四环素类的抗生素抗炎治疗，一般在10到14天，疾病多能痊愈。但对于泌尿系统感染的患者，此时一定要予以足疗程的抗感染治疗，避免其病情反复形成慢性尿路感染，使其迁延不愈，并产生相应的后遗症。
支原体的泌尿系感染患者，一般需要抗感染2到3周，甚至更长的时间才能使其彻底治好，还要注意支原体感染容易复发，注意加强预防。