卵巢囊肿会不会有后遗症，取决于卵巢囊肿部位、手术方式及卵巢囊肿的良恶性。
如果是单纯性的囊肿，一般手术不会遗留后遗症，但是如果卵巢囊肿手术止血电凝过度，可能会引起卵巢功能受损，影响卵巢功能。如果是卵巢子宫内膜异位囊肿，术后可能发生复发，卵巢功能受损影响排卵，发生卵巢早衰、闭经等风险，影响以后的生育功能。
有些卵巢囊肿属于恶性的，手术需要切除双侧卵巢、子宫及输卵管，甚至需要切除阑尾及大网膜。有些还需要放化疗，丧失生育功能，引起盆腔粘连导致腹痛，生存时间缩短，严重者会危及生命。