肛瘘患者可用温盐水清洗肛周，还可用高锰酸钾配成的水溶液进行清洗。但需要注意的是高锰酸钾水溶液的浓度要有一定的比例，浓度高的容易导致肛门周围烧灼伤。
最好的还是建议使用消肿止痛的中药泡水熏洗坐浴，如苦参汤，常用药物有苦参、防风、地肤子、蛇床子、黄柏、金银花、蒲公英等。
如果不方便将中药泡水，还可使用一些中成药水，如荆芥方、硝矾洗剂等。用药物外洗只能是缓解肛瘘感染的症状，起到消肿止痛的作用，要想真正治愈肛瘘还应该进行手术治疗。如果术后使用这些药物清洗，能够促进术区的愈合。