肛瘘做手术之后，局部伤口的护理尤为重要。大便后要每次清洗肛门，避免细菌感染伤口，保持局部的干燥清洁，有利于伤口愈合。可以用温水进行清洗，也可以用高锰酸钾溶液清洗，可以起到消毒、清洁的作用。浓度比例是1:5000，避免药物过浓会导致皮肤黏膜受到损伤。
清洗时要用干净的纱布、无菌毛巾清洗伤口残留的分泌物、粪渣。动作要轻柔，避免刮伤伤口。
也可以采取用中药坐浴的方式清洗，既能清热、消毒、止痛，又可以对肛周局部起到清洁的作用，时间控制在15分钟左右。