肛瘘手术有可能会引起大便失禁。肛瘘可分为低位肛瘘和高位肛瘘，低位的肛瘘可以采取肛瘘切除术，一般不会对肛门括约肌造成损伤，也不会引起大便失禁。
但高位肛瘘由于病情较复杂，在做手术时有可能会损伤肛门括约肌，甚至有可能导致肛管直肠环和肛门括约肌的功能受损，从而引起患者不能自主控制粪便的流出，导致大便失禁，得了肛瘘一定要选择正规的医院做手术。
症状不严重的大便失禁，可以通过局部坐浴，结合多做提肛运动改善，但严重的大便失禁则需要做修补手术，恢复正常的肛管直肠环结构。